Ngày 23/08/2016, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 120/2016/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí.
Theo quy định tại Nghị định này, phí thu từ các hoạt động dịch vụ do cơ quan Nhà nước thực hiện phải nộp vào ngân sách Nhà nước; trường hợp cơ quan Nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí thì được khấu trừ theo tỷ lệ quy định, phần còn lại nộp ngân sách Nhà nước. Trong đó, các cơ quan được khoán chi phí hoạt động bao gồm: Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài; Cơ quan thực hiện cơ chế tài chính theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc sử dụng biên chế và sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan Nhà nước; Cơ quan công an, quốc phòng được giao cung cấp dịch vụ, phục vụ công việc quản lý Nhà nước được thu phí theo quy định.
Cũng theo Nghị định này, hàng năm tổ chức thu phí phải quyết toán thu, chi theo quy định. Với số thu từ phí, lệ phí năm 2016, tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện quyết toán theo quy định của Pháp lệnh Phí và lệ phí và quy định của pháp luật về quản lý thuế; sau khi quyết toán, số tiền phí, lệ phí được trích để lại chưa chi trong năm được chuyển sang năm sau để tiếp tục chi theo chế độ quy định; từ ngày 01/01/2018, số tiền lệ phí còn dư phải nộp toàn bộ vào ngân sách Nhà nước.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2017.